Progettata dal Palladio per conto di una delle più prestigiose e potenti famiglie veneziane, fu completata intorno al 1560. Ha forma cubica con facciata a tempio greco rivolta verso il canale del Brenta, un motivo che richiama quello della contemporanea Rotonda di Vicenza (che però di facciate a tempio ne ha quattro, una per lato), e che rappresenta un po' il paradigma delle ville venete.

A fianco della villa furono costruite nel Seicento alcune terrazze e agli inizi del Settecento una foresteria e un oratorio. Dopo la caduta della Repubblica di Venezia nel 1797 la villa cadde in abbandono, e fu usata come fabbricato rurale. Nel corso dell'Ottocento e in particolare nel 1848 quando le truppe austriache la usarono come bivacco, le parti nuove furono demolite riportando la villa alla sua configurazione originale.

Incerta è l'origine di questo curioso nome di Malcontenta, per la quale sono state avanzate in passato due ipotesi: a) la zona avrebbe avuto questo nome in seguito alle proteste della popolazione locale per le frequenti inondazioni; b) una nobile veneziana della famiglia Foscari sarebbe stata rinchiusa in questa villa per punizione di un adulterio, e di questa prigionia sarebbe stata, ovviamente, malcontenta; questa seconda interpretazione sembra sia una leggenda romantica nata nell'Ottocento.